El órgano principal de gobierno de GAINDEGIA es la Junta General, conformada por todas las personas socias. Por tanto, asociarse implica, además de la contribución económica, el derecho a participar en las decisiones de la Junta de GAINDEGIA.
Dicho de otro modo, GAINDEGIA es una entidad social, que ofrece un servicio abierto al público, la relación entre la persona socia y la entidad no funciona en régimen de contrapartida de servicio, sino que la participación da soporte al observatorio y permite tomar parte en las decisiones fundamentales a través de la Junta General.